CT ใช้รังสีเอกซ์สร้างภาพภาคตัดขวางด้วยความเร็วสูง จึงเหมาะกับกรณีที่ต้องการคำตอบอย่างรวดเร็ว เช่น การบาดเจ็บ ภาวะเลือดออกในสมอง หรือการตรวจปอดและระบบหลอดเลือด
MRI ใช้คลื่นแม่เหล็กไฟฟ้าและคลื่นวิทยุ ไม่มีรังสีเอกซ์ และให้รายละเอียดของเนื้อเยื่ออ่อนได้ดีกว่ามาก จึงเหมาะกับการตรวจสมอง ไขสันหลัง เส้นเอ็น ข้อต่อ และการจำแนกความผิดปกติของเนื้อเยื่อ
การเลือกใช้ขึ้นอยู่กับคำถามทางคลินิก ความเร่งด่วน และข้อจำกัดของผู้ป่วยแต่ละราย เช่น การมีโลหะในร่างกายซึ่งเป็นข้อห้ามของการตรวจ MRI บางกรณี รังสีแพทย์และแพทย์ผู้ส่งตรวจจะพิจารณาร่วมกันเพื่อเลือกวิธีที่ให้คำตอบตรงที่สุด